Mecsér község a Mosoni-Duna negyedik nagy kanyarulatának jobb partján, a Mosoni-síkság, a Szigetköz és a Hanság találkozásánál, Mosonmagyaróvár (22 km) és Győr (21 km) között félúton fekszik, az M10-es főútvonal leágazó, 1402-es számú átkötő úton érhető el. Győrtől 15 km-t a szigetközi úton haladva, Zsejkepusztánál kell áthaladni a Mosoni-Duna hídján, így jutunk a hangulatos környezetben lévő kis faluba.
A településhez tartozó Lickópuszta Lébény felől, az 1-es főútról a 14 104-es közúton, a falu központjából önkormányzati úton érhető el.
Érdekesség, hogy Ásványráró
és Mecsér vonalában húzódik az Alsó- és Felső-Szigetközt elválasztó
botanikai határ. Mosonmagyaróvár város szennyvízterhelése egészen Mecsér
községig érezteti hatását. Mecsér községtől egészen Győr határáig első
osztályú, fürdésre is alkalmas a Mosoni-Duna vize.








